La stagione 2 di Pinky and the Brain è stata trasmessa su The WB da samedi 7 septembre 1996 a samedi 17 mai 1997. È composta da 16 episodi, il primo dei quali si chiama "It's Only a Paper World" e l'ultimo "Hoop Schemes"..
Mignolo e il Prof sono due topolini da laboratorio molto particolari. Il Prof è tanto intelligente quanto intenzionato a conquistare il mondo, mentre Mignolo è il suo aiutante tanto tonto quanto di buon cuore.