Sydney Bristow entdeckt, dass ihr Job als Agent für SD-6, eine streng geheime Einheit der CIA, einige tödliche Geheimnisse verbirgt, die die Sicherheit der freien Welt bedrohen. Anstelle davon gewarnt zu sein, enthüllt Sydney ihr Geheimnis Danny, welcher später ermordet wird. Sydney findet heraus, dass ihr Vater Jack auch bei SD-6 ist und diese keine Abteilung der CIA, sondern ein Feind der Vereinigten Staaten, ist. Sydney sucht Hilfe bei der echten CIA und wird als Doppelagent unter dem Kommando von Michael Vaughn aufgenommen. Ihre Mission besteht nun die Aufträge von SD-6 auszuführen und der CIA davon Bericht zu erstatten. Als Sydney herausfindet, dass ihr Vater auch mit der CIA verbündet ist, beginnt sie sich zu fragen wo ihre wahre Verpflichtung liegt.