Vor zwei Jahren arbeiteten Batman und der zweite Atom (Ray Palmer) zusammen, um sich vor Schurken wie Cannoneer und Thinker zu retten. Ray zog sich später zurück und Ryan Choi übernahm. Zwei Jahre später plant Palmers Erzfeind Chronos einen Angriff und Batman sucht nach ihm. Als Batman verschwindet, müssen Aquaman und Atom (Ryan Choi) im Amazonas-Dschungel auf eine mikroskopische Größe schrumpfen, um den Batman und Ray Palmer vor winzigen Aliens zu retten.