Das Jahr 2000 rückt näher. Die FBI-Agenten Mulder und Scully sehen sich mit einem Mann der Millennium-Gruppe konfrontiert, der glaubt, am 31. Dezember das Ende der Welt herbeiführen zu können, indem er vier ehemalige Mitglieder wieder zum Leben erweckt. Um mehr über die Gruppe und ihre Praktiken zu erfahren, engagieren Mulder und Scully den Kriminalprofiler Frank Black als Unterstützung bei den Ermittlungen.