Vier Jahre nach dem Tod von Shougo Makishima und dem Verschwinden Shin'ya Kougamis beginnt die japanische Regierung das Sybil-System weltweit auszubreiten.
Während in einer kleinen Küstenstadt in 'Shambala Float' ein Bürgerkrieg herrscht, führt die SEAUn (South East Asia Union) das Sybil-System ein, welches vorübergehend für Frieden in der kleinen Stadt sorgt. Doch dann tauchen plötzlich Terroristen der SEAUn in Japan auf und greifen das Sybil-System von innen heraus an. Akane Tsunemori und ihr Team müssen nun nach Shambala Float reisen und versuchen die Terroristengruppe aufzuspüren.