Im Januar 2118 wird ein Schiff des Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten durch eine rebellische Organisation, die Peacebreakers, angegriffen. Sie haben es auf die Forschungsunterlagen der Professorin Milicia Stronskaya abgesehen, die auf diesem Schiff eigentlich beschützt werden soll, aber während des Überfalls ermordet wird. Shinya Kogami, einst Mitglied des Amts für Öffentliche Sicherheit (PSB) und danach ein Söldner, arbeitet nun für eine Abteilung des Ministeriums, das Suppressing Action Department (SAD) und will Schlimmstes verhindern, doch dank eines offensichtlich manipulierte Kollegen entkommen die Peacebreakers.