Der radikale Umweltaktivist Max Scully, der seinen Tod vorgetäuscht hatte, taucht wieder auf. Er wurde trotz seiner mörderischen Verbrechen von der Regierung begnadigt und soll nun in der Unterwasser-Kolonie Ökotopia leben. Captain Hudson soll Scully mit der seaQuest dorthin bringen. Doch Scully schmiedet wieder finstere Pläne: Er will die seaQuest in seine Gewalt bringen und alles Leben auf der Erde zerstören.