Nach dem Kampf gegen den Kishin kehrt in der Shibusen langsam wieder ein trügerischer Alltag ein, denn in Wahrheit haben sich entscheidende Dinge geändert. Dr. Stein droht, von der Welle des Wahnsinns erfasst zu werden. Mit Marie taucht eine neue Lehrerin an der Shibusen auf, und auch die Schülerschaft hat sich vergrößert: Chrona und Ragnarök nehmen am Unterricht teil.