Das Überleben der Menschheit steht auf dem Spiel: die Wasserwelt Aquarius bewegt sich auf die Erde zu - sie wird den Planeten bei ihrem Zusammentreffen mit demselben gänzlich überfluten. Drahtzieher hinter dieser neuerlichen Bedrohung sind die Dinguil, ein Alien-Volk, dessen eigener Heimatplanet eben jener Wasserwelt zum Opfer fiel. Die Crew der Yamato zieht aus, um die zerstörerische Kraft von Aquarius aufzuhalten …