Ein tödlicher Virus hat fast die ganze Menschheit vernichtet. Es handelt sich um eine Mutation der Vogelgrippe, die sich über die Luft verbreitet und die Atemwege und das Immunsystem angreift. Dieses simulierte Horror-Szenario dient in "The Colony" als Ausgangssituation für ein einzigartiges Experiment: Wie schnell würden Menschen, die sich nie zuvor begegnet sind, nach einer solchen Katastrophe ein funktionierendes Gemeinwesen aufbauen können? Und hätten sie überhaupt eine reelle Überlebenschance? Um die Fragen zu beantworten, stellt sich eine Gruppe von Freiwilligen mit völlig unterschiedlichen Backgrounds einer spannenden Herausforderung. Die Probanden haben sich bis dato nicht mit dem Virus infiziert und fürs erste eine Unterkunft gefunden, in der sie unter Quarantäne stehen. Nach Ablauf der Quarantäne-Zeit werden sie per Hubschrauber in eine vier Hektar große, so genannte "sichere Zone" an der Küste Louisianas geflogen. Hier sind sie ab sofort völlig auf sich allein gestellt. Zum Überleben bleiben ihnen nur die eigenen Fähigkeiten und das, was sie in einer zerstörten Welt an brauchbaren Gegenständen finden.