Die 2 Staffel von Full Metal Panic! wurde auf AT-X von mardi 26 août 2003 bis mardi 18 novembre 2003 ausgestrahlt. Sie besteht aus 12 Episoden, wobei die erste Episode "The Man From The South / A Hostage With No Compromises" und die letzte "5th Period Hot Spot" heißt..
Sousuke Sagara, Mitglied einer verdeckten privaten Anti-Terror-Militärorganisation namens Mithril, wurde beauftragt, Kaname Chidori, ein temperamentvolles japanisches Highschool-Mädchen, zu beschützen.