Tomoro Tenma lebt in einer Welt, in der menschliche Gedanken und Emotionen – bekannt als „E-Pulse“ – als Energiequelle für KI-Geräte namens Sapotama dienen. Doch als plötzlich Digimon aus diesen Geräten materialisieren und sich von E-Pulse ernähren, beginnt die Gesellschaft zu zerfallen.
Nachdem Gekkomon aus seinem Sapotama erscheint, schließt sich Tomoro Glowing Dawn an – einem geheimen Team, das abtrünnige Digimon und die dunkle Wahrheit hinter einem System untersucht, das gleichermaßen von Emotionen angetrieben wie von ihnen verdorben wird.