Wir schreiben das Jahr 2356 v. Chr. - 189 Jahre, nachdem eine entfernte Supernova eine globale Katastrophe verursacht hatte, die 99% der Weltbevölkerung auslöschte. Um alle Weltraumaktivitäten im Auge zu behalten, hat die Menschheit im gesamten Sonnensystem kolossale Raumstationen gebaut, die als "Fundamente" bezeichnet werden. Nach bestandener Aufnahmeprüfung der Space Academy begibt sich Shima Katase zur erdgebundenen Stiftung Stellvia, um ihren Traum vom Sehen der Galaxie zu verwirklichen und zu verhindern, dass eine weitere interstellare Katastrophe die Erde zerstört.