Nous sommes à bord du Macross, gigantesque vaisseau colonial terrien, dans un contexte de guerre entre les humains, les zentradiens (sorte d'extraterrestres géants tout vert), et la race des femmes guerrières (tout aussi grande que les zentradiens). Le héros, Ichijo Hikaru, est un pilote de VF (avion de guerre ayant la possibilité se transformer en mécha) dont la mission est de défendre le Macross contre les multiples attaques ennemies.
Sa rencontre avec la sublime chanteuse Lynn Minmay va l'entraîner au cœur du conflit, sans se douter que la voix de celle-ci détient peut être la clé pouvant mettre un terme à la guerre et ainsi assurer la survie de l'Humanité.