Saitou lidera al Shinsengumi en la batalla de Aizu, asumiendo el mando de Masaki y sus soldados, quienes inicialmente lo rechazan al dudar de su valía como guerrero. Tras un intento fallido de ataque en Shirakawa-guchi, Masaki finalmente reconoce la destreza de Saitou. Con el regreso de un recuperado Hijikata, el grupo decide atacar el paso de Bonari, pero son superados en número. Para permitir la retirada del Shinsengumi, Masaki se sacrifica en combate. Mientras los supervivientes reciben la orden de retirarse a Sendai en busca de refuerzos, Saitou decide quedarse junto al clan Aizu, manteniendo en alto la bandera del Shinsengumi.