Sonny Burnett,imprigionato ad Alcatraz nel 1960 per sequestro di persone agiate,ricompare ai giorni nostri ed è in cerca vendetta per il trattamento ricevuto nel passato dal Direttore Tiller.La squadra scopre che il sangue prelevato ai prigionieri nel 63 ha connessioni con quello che sta succedendo oggi.I' intreccio tra Rebecca,Zio Ray e Tommy viene ulteriormente approfondito.