Durante la missione Apollo 17 viene trovata sulla Luna una tecnologia antica nota come l'Hypergate che permette agli umani di raggiungere Marte e colonizzare il pianeta. Dopo aver trovato altre tecnologie antiche chiamate "Aldnoah" su Marte, i coloni fondano l'impero di Vers e rivendicano il possesso di ogni cosa, ragion per cui i rapporti con la Terra si deteriorano al punto tale che nel 1999 scoppia addirittura una guerra. Nel bel mezzo di una battaglia tra la federazione terrestre e l'impero di Vers avviene però un evento noto come l'Heaven's Fall: la porta spaziotemporale va fuori controllo e un'esplosione distrugge gran parte della Luna, cosa che impedisce ai marziani rimasti di tornare su Marte e li costringe a una tregua. Quindici anni dopo la principessa di Vers, Asseylum Vers Allusia, si dirige sulla Terra in una missione di pace nonostante gli avvertimenti del suo amico fidato Slaine e, al suo arrivo sulla superficie terrestre, viene attaccata da alcuni terroristi durante il corteo della delegazione. Il protagonista della serie, Inaho, e alcuni suoi amici assistono a tutta la scena dove la limousine della principessa, pur riuscendo in un primo momento ad evitare l'attacco, viene poi distrutta da una seconda raffica di missili. Ovviamente intenzionati a vendicarsi, i cavalieri marziani di Vers non perdono tempo e l'invasione della Terra ha subito inizio.