Paradosso e Azmuth arrivano sulla Terra per avvertire Ben dell'incombente flotta dei Supremi. Gwen e Kevin chiedono aiuto a tutti gli alleati che si sono fatti durante la serie (Alan, Cooper, Julie e Nave, persino al loro arcinemico Darkstar) per contenere la minaccia. Nel frattempo, Azmuth rivela a Ben che l'Omnitrix contiene il DNA di ogni specie senziente della galassia, per un totale di 1.000.903 forme aliene, e sblocca il Controllo Principale in modo che Ben possa combattere con successo i Supremi. Ciò include tre dei suoi vecchi alieni; Rotolone, Vomito e Gigante. Con Ben nelle sembianze di Rotolone, la squadra converge sul portale di salto interstellare dei Supremi in un tentativo di impedire che la flotta arrivi sul pianeta, ma l'attacco provoca solo il comando d'attacco da parte del Supremo al comando. Per provare ad impedire l'avanzata della flotta, la squadra, con Ben trasformato in Vomito, prova a distruggere il portale, ma la tattica non funziona. Ben si trasforma in Gigante e prova a buttare giù il portale. Stavolta il tentativo sembra funzionare, ma il Supremo in carica attiva preventivamente il portale, che si attiva e mette al tappeto Gigante. La squadra capisce che devono arrivare al capitano della flotta, sul pianeta dei Supremi, per fermare l'invasione.