Un terremoto sveglia un ufficiale dei Supremi, che era stato messo in criostasi e teoricamente si sarebbe dovuto risvegliare solo nell'eventualità in cui i Supremi avessero perso la guerra. Seguendo gli ordini assegnatigli, l'alieno attiva un'arma, pensata come ultima risorsa, per distruggere la Terra. Dei semi con poteri di controllo mentale si impossessano di Nonno Max e di altre quattro persone, usandoli come cervello di una bomba vivente che porrà fine a tutte le forme di vita del pianeta. L'ufficiale dei Supremi si rifiuta di credere ai proclami di pace di Ben e non rivela il modo di fermare la catastrofe imminente. Mentre Gwen e Kevin provano a rallentare un po' la bomba, Ben chiede l'aiuto di Reinrassic III nell'invocare la cooperazione dell'ufficiale dei Supremi. Incapaci di fermare il mostro dall'esterno, Ben, Gwen e Kevin penetrano dentro il mostro per distruggerlo dall'interno. I tre riescono a salvare gli umani usati come cervello della bomba, mentre l'ufficiale dei Supremi si sacrifica per eliminare il mostro senza pericoli.