Mentre Lucrezia è a capo del Vaticano, Rodrigo Borgia continua il suo ritiro. Tenta di superare i suoi sentimenti romantici per Giulia e il suo desiderio per la propria figlia, ora sposata con Alfonso di Calabria. Ma anche lontano da tutte le tentazioni, lotta per arrivarci. Da parte sua, la figlia, divenuta reggente, governa con saggezza e temperanza, qualità che mancano a Cesare. Quest'ultimo, ancora in guerra in Romagna, spera di ottenere con un po' di fortuna, di annientare Caterina e tutti i nemici della famiglia Borgia.