Per gli studenti del terzo anno si avvicinano gli esami e le scelte per il loro futuro. Tomoya è l'unico a non aver ancora deciso cosa fare una volta diplomato e, quando glielo chiedono, cambia discorso. Nagisa si ammala e resta assente da scuola per molti giorni, con il rischio che venga bocciata un'altra volta. Tomoya le tiene compagnia per tutto l'autunno e vorrebbe farsi bocciare per ripetere l'anno con Nagisa. Tutti gli amici festeggiano il compleanno di Nagisa, il 24 dicembre, e il Natale assieme. Alla fine Nagisa viene bocciata e tutti i suoi compagni si diplomano. Okazaki e Sunohara ringraziano il professor Koumura, che andrà in pensione l'anno successivo, e Tomoya raccomanda Nagisa a Yukine e Tomoyo, che saranno in classe con lei l'anno prossimo. Nagisa rincuora Tomoya e lo sprona ad andare avanti senza di lei, e tutti e due fanno una passeggiata tenendosi per mano sulla collina con i ciliegi in fiore.