Horatio e i suoi indagano sulla morte di un poliziotto, ucciso dopo aver effettuato un controllo su un'auto sospetta. Il leader dell'unità Csi s'insospettisce non poco quando apprende che il Dipartimento degli Affari Interni è coinvolto nel caso, e comincia a pensare che quello del poliziotto non fosse un omicidio "casuale". Intanto Calleigh aiuta una donna vittima di abusi sessuali. Dal canto suo, Yelina comincia a frequentare Rick Stetler, agente impiegato proprio agli Affari Interni.