Nick Townsend viene trovato morto, e tutte le prove sembrano puntare verso Natalia, che a questo punto diventa la maggiore indiziata per l'omicidio del marito. Immediatamente, il Dipartimento Affari Interni subentra alla Csi nelle investigazioni sul caso. Horatio, supportato dagli addetti del laboratorio e dall'ex fidanzato di Calleigh fa i turni di notte per scagionare la collega.