La squadra Csi deve fare i conti con una minaccia che punta direttamente ai membri del team, quando il nuovo medico legale assunto in laboratorio rimane vittima di un'aggressione a mano armata. Horatio deve proteggere i suoi compagni e al tempo stesso garantire l'incolumità del figlio Kyle. Ma la situazione precipita quando un altro collega viene colpito dai proiettili, innescando una disperata corsa contro il tempo.