La nuova struttura "Edge of Ocean" nella baia di Tokyo ospiterà un summit con i vertici della città. Giorni prima di questo incontro internazionale avviene all'improvviso un'esplosione, la quale distrugge l'edificio dove doveva tenersi il summit. Con l'inizio delle indagini da parte della polizia, troviamo l'interferenza di Tooru Amuro, agente della polizia di pubblica sicurezza, con il soprannome di "Zero". Conan viene turbato dal misterioso comportamento di Amuro, che fa le sue mosse in segreto dietro all'incidente. Successivamente nel centro congressi, luogo dell'attentato, le impronte digitali lasciate su una parte di detrito corrispondono a quelle di Kogoro Mori, che era precedentemente parte del dipartimento di polizia metropolitana. Essendo una cospirazione, Conan e Amuro indagano sul caso.