Con Bootmon sotto il suo controllo, Yūjin risveglia l'Omnipotente Dio Appmon, Deusmon, per iniziare la fase finale del piano di Leviathan per controllare il mondo. Analizzando i dati di Deusmon, Rei e Hajime creano anche un programma speciale per raggiungere il Grado di Dio, ma mentre gli altri decidono di combattere fino alla fine, Haru è ancora scioccato dal tradimento di Yūjin.