Un'esplosione distrugge un cantiere a New York, apparentemente causata da una fuga di gas. In realtà la vera causa è un misterioso e strano cilindro comparso dal nulla. Oliva, Walter e Peter (chiamati da Broyles) cominciano subito le indagini. Anche questa volta Walter sembra avere un'idea di cosa possa essere il cilindro, ma si rifiuta di comunicarlo al resto della squadra, perché si tratterebbe di qualcosa di molto pericoloso. Nel frattempo Peter comunica a Oliva di voler lasciare la squadra, perché vorrebbe stare fuori da quella vita. Olivia scopre che il cilindro era già comparso in circostanze simili e poi scomparso nel nulla diversi anni prima, inoltre si accorge che "qualcuno" lo sta cercando. Quando anche Walter viene a sapere che lo stanno cercando decide autonomamente di metterlo al sicuro, nascondendolo anche al resto della squadra, con l'aiuto di un misterioso personaggio dalle caratteristiche non umane. In seguito Walter rivela che potrebbe trattarsi di un missile intelligente in grado di attraversare la terra, e che l'uomo misterioso di cui si è avvalso lo ha conosciuto in circostanze coincidenziali. Chi sta cercando il cilindro infine, riesce a trovarlo riuscendo ad "inserirsi" nella testa di Peter, che gli da un'informazione che neanche lui stesso sapeva (secondo Walter aveva acquisito l'informazione semplicemente stando vicino a lui). Peter, sconvolto decide di rimanere nella squadra perché vuole rendersi conto di cosa "lo schema" effettivamente è. Nella scena finale Olivia si ritroverà davanti l'agente Scott.
(fonte Wikipedia)