Imprigionate, Nina racconta ad Olivia di come abbia passato gli ultimi tempi in quella stanza, facendo capire così alla ragazza che, in tutto questo tempo, la Nina che entrava in casa sua e le parlava non era la vera lei. Proprio in quel momento, entra nella stanza Robert Jones che, informando Olivia di tutto, la mette alla prova cominciando a torturare Nina per riuscire a riattivare i suoi ricordi. Non riuscendo, però, Olivia prova a parlare con Nina per far riemergere i suoi ricordi e confessarle che, in precedenza, solo Peter era riuscito ad attivarla. In quell'istante, Nina ha un malore, e, portata fuori, la donna si alza informando Jones della conversazione avuta con la ragazza.
Nel frattempo, Peter ha mobilitato Broyles per ritrovare Olivia il quale, insieme a Lincoln, sta tentando di far parlare Nina.
Intanto, dopo aver trovato una telecamera nascosta in casa di Olivia, Peter cerca di risalire alle immagini registrate quando improvvisamente, nel laboratorio, appare sanguinante e ferito Settembre, che riesce solo a dirgli che Olivia ha bisogno di lui. Non sapendo cosa fare, Peter riesce a convincere Walter a farlo entrare nella mente di Settembre e, una volta qui, riesce a parlare con lui il quale gli racconta di come abbia tentato di rimediare ai suoi errori, ma, a causa della nascita di suo figlio dalla Olivia sbagliata, anche in quell'occasione fallì. Gli racconta inoltre che, dopo essere sparito in seguito alla sua entrata nella macchina, anche suo figlio sparì con lui e come, a causa della sua riapparizione, soltanto un figlio con Olivia, quella giusta, potrebbe sistemare tutto. Prima di mandare via Peter, Settembre gli dice di andare a casa e, in quel momento, Peter si risveglia vedendo la sparizione del corpo di Settembre sotto i suoi occhi. Pur non capendo il senso delle parole di Settembre, Peter segue le sue parole e si reca a casa dove viene sorpreso e catturato dagli uomini di Jones che lo portano da Olivia. Vedendo il ragazzo sotto minaccia,