In tutto il mondo si stanno verificando degli strani terremoti che, con sorpresa, coincidono nei due universi. Durante una riunione indetta da Walter, quest'ultimo espone il grave problema che Jones sta procurando: l'uomo vuole infatti far esplodere entrambi gli universi per creare un Big Bang con conseguente nascita di un nuovo universo dove lui governerebbe indisturbato sulle leggi della natura e della fisica.
Preoccupati per la situazione, Olivia, Peter, Astrid, Walter e Olivia dell'altro universo, cercano di capire come fermare i terremoti ma, durante le ricerche, Walter capisce un ulteriore dettaglio: Jones sta cercando un equilibrio tra i due universi per farli collidere. Grazie ad alcuni video amatoriali e alla testimonianza di un uomo nell'altro universo, Olivia risale a Nick Lane, un suo compagno di Cortexiphan, il quale sembra stia lavorando per Jones.
Grazie all'aiuto dell'altra versione di Nick ed alle abilità di Olivia, la Fringe Division riesce a fermare l'ennesimo terremoto che, proprio Nick, si stava accingendo a scatenare ma, con sorpresa, scoprono che nel resto del mondo il fenomeno non si è fermato.
Preoccupati per la situazione, la Fringe Division deve trovare un modo per scampare a questo pericolo, Peter si rende conto che forse chiudendo il ponte si può rallentare il piano di Jones, ma Olivia si oppone, vuole evitare di chiudere il ponte perché ciò porterebbe alla rottura dei legami tra universi e, soprattutto, finirebbe anche il miglioramento apportato dall'universo alternativo.
Olivia così, decide di interrogare Nick il quale, confessando alla donna di lavorare volentieri per Jones il quale lo ha aiutato con i suoi poteri e, soprattutto, li sta preparando per l'imminente guerra, alla fine decide di collaborare con loro. Nick conduce così Olivia ed i suoi uomini ad un vecchio deposito dove, tempo prima, si incontrò con Jones: qui però, Olivia e la sua squadra non trovano niente e, usciti, scoprono che era tutta una farsa architett