Questo film è il riassunto della serie originale di Galaxy Express 999. In un lontano futuro, l'evoluzione della tecnologia ha consentito la creazione di una rete ferroviaria interstellare che collega tutti i principali pianeti civilizzati; inoltre è possibile sostituire parti del corpo umano con elementi meccanico che permettono la vita eterna a chi se lo può permettere. I poveri invece non possono permettersi né un corpo meccanico né la possibilità di emigrare su altri pianeti per cercare fortuna a causa dei prezzi proibitivi dei biglietti dei treni spaziali e sono perciò costretti a una vita di stenti. Masai (Tetsuro Hoshino nella versione originale) è un ragazzino orfano che vive nei bassifondi di Megalopolis, la futuristica capitale della Terra; desidera recarsi sul pianeta Andromeda dove ha saputo che è possibile ottenere gratuitamente un corpo meccanico, per diventare immortale e soprattutto per vendicare la morte della madre, uccisa dal crudele Conte Meccanico. Tetsuro ruba un biglietto per salire a bordo del Galaxy Express 999, il treno che fa servizio tra la Terra e Andromeda, ma è costretto a scappare per evitare di essere catturato dalla polizia; ormai esausto, viene tratto in salvo all'ultimo secondo da una misteriosa ragazza dai lunghissimi capelli biondi e somigliante in modo impressionante alla sua defunta madre...