Dans une zone spatiale jonchée de débris, le train n°640 fuit sous le feu de nombreux canons à énergie. Il finit par affronter un cuirassé, sans disposer d’un équipement suffisant pour rivaliser. Alors que le canon principal du vaisseau s’apprête à tirer, le Big One intervient et parvient à le repousser. Le centre de gestion révèle alors que le train 640 transporte des réfugiés d’une planète en guerre civile, Guera, et qu’un espion anti-gouvernemental s’y cache. Pendant ce temps, Manabu, chargé de guider les passagers, rencontre une mystérieuse jeune fille nommée Misery… et le cuirassé reprend bientôt sa poursuite.