Ambientato in un Giappone futuristico dopo la fine di una brutale guerra mondiale, la scienza ha fatto passi da gigante dando all'umanità la scelta di prolungare la vita e ridurre la sofferenza con l'uso di una sofisticata cibernetica. Con tutta l'umanità collegata in un unico sistema di menti e personalità conosciute come fantasmi, la più grande minaccia alla civiltà sono i cyber terroristi capaci di dirottare i corpi e le memorie delle persone. Quando un virus che infetta i fantasmi noto come Fire-Starter inizia a diffondersi nel sistema provocando l'assassinio del primo ministro giapponese, il maggiore Motoko Kusanagi e la sua squadra d'élite di agenti speciali vengono chiamati per rintracciarne l'origine. Man mano che approfondiscono le loro indagini, scoprono tracce di corruzione del governo e un oscuro intermediario che ha un volto fin troppo familiare.