La Corte costringe il professor Hugo Strange a creare un composto con il virus di Alice Tech per infettare Gotham. Gordon riesce a scoprire il piano di Kathryn che vuole trasmettere il virus tramite una bomba. Nel frattempo, lo Sciamano libera Bruce dal suo dolore emotivo e Ivy salva Selina con le sue piante miracolose. Pinguino viene rapito dalla Corte e si trovera' a faccia a faccia con Nygma. Kathryn si rende conto di essere stata tradita e comanda all'invasato Barnes di uccidere Gordon.