Dopo la scomparsa del "fienile" molti avvenimenti sono accaduti ad Haven: Duke, che al momento della caduta delle meteoriti si trovava nel fienile in cerca di Audrey, precipita in un varco spazio-temporale e riappare in una vasca dell'acquario di Boston, 6 mesi dopo i tragici eventi. Inizia così a cercare delle spiegazioni e, grazie a Jennifer (una giovane che mesi prima aveva iniziato inspiegabilmente a sentire delle voci su Audrey, Nathan, Duke e la città di Haven) scappa dall'ospedale in cui si trova. Giunti ad Haven, Duke e Jennifer trovano Nathan che si è dimesso da capo della polizia e, sconvolto dalla scomparsa di Audrey, vive di espedienti. I tre iniziano le loro ricerche, mentre la Guardia rimane sospettosa e non si fida dell'operato di Nathan. Nel frattempo, Audrey (o una nuova "versione" della ragazza) appare nelle veste di cameriera in un misterioso e sconosciuto locale.