House scopre che un bambino di neonatologia si è ammalato, con una diagnosi di occlusione intestinale. Altri 3 casi presentano una sintomatologia simile (diffusione anche a piani diversi dell'ospedale) e comincia la caccia ad una presunta epidemia.
La dottoressa Cuddy, all'inizio diffidente, vedendo che i problemi si stanno moltiplicando tra i neonati, mette in quarentana il reparto e si aggiunge al team diagnostico.
House dichiara guerra al virus: somministrazione combinata di vancomicina e azatreonam, risonanza magnetica per individuare ascessi ed infezioni occulte.
CASO CLINICA Una ragazza avverte strani sintomi e House le fa un'ecografia: risulta incinta, solo che la ragazza non sa di chi (se del suo ex o di suo marito), così il dottore ordina anche un test di paternità (che confermerà che il padre è il marito).
La cura combinata per i neonati infetti scatena però già degli effetti colaterali: i reni stanno collassando. Via quindi a nuove diagnosi differenziali.
Foreman pensa alla MIRS (una specie di stafilococco aureo molto resistente), un'infezione molto comuna negli ospedali, mentre Cameron pensa allo pseudomonas: due malattie che però escludono uno dei due farmaci già somministrati.
Fare una scelta vuol dire decretare la morte dell'altro neonato; non avendo scelta decidono comunque di somministrare ad uno la vancomicina (per la MIRS) e all'altro l'azatreonam (per lo pseudomonas).
Il legale diffida House dal fare una sperimentazione su dei neonati ma Cuddy, disperata, ripone ciecamente la sua fiducia nel diagnosta e gli dà carta bianca. Il nenonato con l'azatreonam muore, per cui House raddoppia la dose di vancomicina a tutti gli altri neonati contagiati.
Cuddy intanto fa disinfettare il reparto agli studenti del primo anno di Medicina e taglia una cravatta ad un ragazzo afroamericano, definendola un ricettacolo ambulante e sfogandosi con Wilson.
Cameron intanto deve comunicare il decesso alla famiglia ma si blocca e lo fa