La Sezione invia un team in Scozia per neutralizzare un deposito di munizioni di Cellula Rossa; ma quando la squadra arriva trova il posto abbandonato. Michael e Nikita continuano la sorveglianza mentre Mowen, un operativo prende dei campioni e torna in Sezione. Poco dopo muore in circostanze misteriose e Operations capisce che la missione era una trappola per permettere ad un virus killer di entrare nella Sezione. Michael e Nikita devono scegliere tra trovare l'antidoto e salvare la Sezione oppure la possibilità di riavere la loro libertà.