Durante una spedizione in mare per cercare il tesoro di una flotta spagnola, la barca della Dr. Barbara Ortega viene attaccata da dei pirati dei gioni nostri, che le rubano una piccola parte del tesoro, e, soprattutto, l'albero della nave spagnola, che è la chiave per trovare il resto del tesoro.
Quando viene reso pubblico l'attacco alla nave dalla dottoressa, la Phoenix Foundation manda MacGyver per risolvere la situazione.
I due dovranno trecuperare l'albero della nave e trovare il tesoro, prima che lo trovino i pirati.