È il 1946 e Peggy Carter è un agente in servizio allo Strategic Science Reserve di New York, ma i colleghi uomini la trattano al pari di una segretaria. L'S.S.R. sta indagando su Howard Stark, accusato di aver venduto armi ai nemici degli Stati Uniti. Peggy viene avvicinata in segreto da Howard che le dice di essere stato derubato e incastrato e le chiede quindi aiuto per ripulire il suo buon nome, affiancandole il suo fidato maggiordomo/assistente, Jarvis. Durante le indagini, Peggy scopre l'esistenza di un tale Leet Brannis, un uomo senza corde vocali che lavora per qualcosa chiamato "Leviathan".