In seguito all'attentato, Callen e Sam sono intrappolati nel teatro e si occupano dei feriti, mentre fuori gli Artificieri sbloccano le porte dal C4 cosi che le persone possano uscire; però alcune non ce la fanno. Le indagini rivelano che l'attacco era solo una falsa pista: il vero obiettivo era un trafficante d'armi e si scopre che l'Agente Speciale Ross dell'FBI era corrotto. Ochoa incontra nel suo ufficio la Sottosegretaria della Marina, la quale vuole sapere se la squadra deve essere sciolta; egli la prega di non farlo perché ha capito che loro possono lavorare anche senza Hetty (ancora scomparsa) e senza di lui, che deve tornare a Washington poiché sua figlia Marianne è dipendente dalla droga. Nell conforta Fatima, che si incolpa di non essersi accorta subito del piano dei terroristi e delle reali intenzioni dell'Agente Ross. Nel finale Sam, Callen, Kensi e Deeks si uniscono ai sopravvissuti davanti al teatro per partecipare a una veglia in ricordo delle vittime.