In questo finale della quinta ed ultima stagione: Finch riesce ad installare il virus letale all'interno di Samaritan, ma durante la missione rimane ferito. John muore per evitare che una copia della pericolosa intelligenza artificiale finisca su un satellite. Shaw e Fusco riescono a salvarsi e Shaw vendica la morte di Root uccidendo Jeff. Tutto sembra finito, la Macchina apparentemente è morta, ma...