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Bellick si reca nell'ufficio di Mahone per chiedergli il compenso per la cattura di Haywire ma l'uomo gli impone di andare alla ricerca anche di Sucre. Dopo aver ascoltato il nastro, Michael, Lincoln e Sara discutono sul da farsi: Lincoln propone di contattare Jane Phillips, la donna che lavorava col padre e che al momento si sta occupando di LJ, per farsi dare un nome di una persona non corrotta che potrebbe aiutarli. Kellerman acquista da un uomo un fucile di precisione ma per evitare problemi si sbarazza subito del venditore. C-Note, in cambio del rilascio della moglie e delle cure mediche per Dede, promette a Mahone che lo porterà da Michael. Per questo motivo lascia diversi messaggi sul sito www.europeangoldfinch.net, nominato da Michael durante la ricerca del denaro di Westmoreland. Lincoln contatta al telefono LJ che gli esterna il desiderio di continuare a condurre una vita normale, come quella che sta facendo al momento sotto falso nome. T-Bag si reca presso uno psichiatra per parlargli dei suoi tormenti, ma le sue vere intenzioni sono altre: il dottore infatti somiglia all'uomo e T-Bag lo uccide per rubargli l'identità e recarsi a Bangkok, dove potrebbe ottenere una mano umana da potersi far impiantare. Michael e Lincoln decidono di consegnare la registrazione ad un certo Cooper Green, un procuratore generale, amico del padre consigliato da Jane. Chiamano quindi il suo ufficio dove attraverso la segretaria riescono a mettersi in contatto con lui e a stabilire un appuntamento. Sara si reca presso la tomba del padre e qui incontra Bruce, l'ex-collaboratore del padre; la ragazza continua a non fidarsi dell'uomo e a ritenerlo complice della Compagnia, ancora scossa credendolo il mandante della sua, fallita, esecuzione ad un telefono pubblico. Bellick si reca presso il Fox River dove ottiene informazioni su Sucre dal cugino Manche a cui promette il trasferimento ad un carcere di minima sicurezza. Sucre e Maricruz sono intanto arrivati presso la casa della zia

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S02E19 - Sweet Caroline