Quando il comandante Jonathan Ford è costretto ad alleviare il capitano Marilyn Stark del dovere per aver disobbedito agli ordini, il SeaQuest DSV è rimasto senza un capitano. Il nuovo Oceani Organizzazione United Earth recluta riluttante in pensione il capitano Nathan Bridger per assumere il comando; tuttavia, Bridger non è affatto entusiasta di ricongiungersi ai militari. Ma, quando un sottomarino rinnegato pirata comincia a mettere in pericolo la vita, Bridger non può fare a meno di essere travolto nella vita ha cercato di fuggire, soprattutto quando il capitano del sub ribelle si rivela essere il recentemente licenziato Stark in una missione di vendetta per distruggere il Seaquest .