Il SeaQuest cade nella trappola e siluramento di una nave che trasportava decine di bambini rifugiati, guidati da Cynthia Westphalen, figlia di Kristin. Quando il loro lancio è danneggiato, il comandante Ford, Shan , e le Westphalens devono rifugiarsi nella Confederazione amazzonica, il cui leader ritiene che il brutale SEAQUEST ha inviato assassini dopo di lui.