Nei dieci anni da quando il capitano Nathan Bridger e l'equipaggio della SEAQUEST misteriosamente scomparso dalla faccia della Terra, il capitano Oliver Hudson conduce una ricerca del sottomarino perso come un fascista australiano confederazione cresce la sua sfera di influenza sopra e sotto il mare. Quando SEAQUEST riappare sulla Terra, potrebbe essere solo il miracolo della UEO ha bisogno di fermare l'Alleanza di intenti di Macronesia del dominio del mondo.