Tess scopre che il giovane Alexander (che ora chiama Conner, dopo che ha perso la memoria) possiede metà del DNA di Clark e che quindi ha anche tutti i suoi poteri. Mentre è a casa Kent però, Alexander sente, grazie al superudito, quali sono le sue vere origini e va al castello in cerca di risposte. Qui trova Lionel che gli offre una vita da "Lex Luthor" e un anello di Kryptonite rossa. Nel frattempo Lois e Tess cercano un modo per dimostrare che Lionel è un impostore e mentre è alla ricerca di documenti alla Luthor Corp., Lois viene catturata dagli uomini di Lionel. Questo la porta in un sotterraneo per ucciderla davanti al giovane Alexander, ma il ragazzo, essendo molto attratto da Lois, la rapisce salvandole la vita. Per far colpo su di lei commette alcuni crimini, ma Lois è inflessibile e gli fa capire che non ci sono speranze per un loro futuro insieme. Così la porta in un posto sicuro, ma Clark riesce comunque a trovarli e a distruggere l'anello. Proprio in quel momento arriva Lionel con la Kryptonite verde che mette entrambi KO. Posto davanti alla scelta su chi vuole essere (al riparo dalla Kryptonite), Alexander volta le spalle al padre e salva Clark distruggendo la pietra verde. Le ricerche di Lois e Tess non sono state vane e Lionel, incastrato dalla sua stessa figlia, cede la Luthor Corp. a Tess. Ma sul finale una strana creatura (Darkseid) si presenta al cospetto di Lionel Luthor.