Video : The Intruder

Grazie al nuovo ZPM i membri della spedizione possono collegarsi allo Stargate Terrestre e dopo un aggiornamento all'SGC sono in viaggio verso Atlantide a bordo della Daedalus. Durante l'incontro Elizabeth scopre che il comando intende mettere Caldwell a capo della spedizione, per sostituire il Colonnello Sumner, ma la Dott. Weir insiste perchè John Sheppard venga promosso e prenda il comando strategico di Atlantide. Nel frattempo, a bordo della Daedalus un virus Wraith si è attivato e prende possesso dei sistemi della nave.

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S02E03 - Runner