La spedizione di Atlantide riceve una proposta incredibile dai loro acerrimi nemici, i Wraith. Un'astronave Alveare con a bordo Michael arriva in orbita e chiede un incontro con la Dottoressa Weir e Sheppard. La regina in persona scende sul pianeta per mettere a punto i dettagli di un alleanza con gli umani, allo scopo di sconfiggere delle fazioni Wraith avversarie. Il loro piano è di utilizzare il vaccino creato da Carson per trasformare i Wraith in esseri umani, in cambio offrono accesso illimitato alla loro tecnologia.