Ad Atlantide arriva il Colonnello Abe Ellis al comando della nuova astronave Terrestre, la Apollo. Ellis è al capo di una missione per operare un attacco preventivo ai Replicanti. Elizabeth è convinta che si tratti di un errore che potrebbe scatenare una minaccia terribile per Atlantide, ma i suoi dubbi non sono tenuti in considerazione. Disgraziatamente la missione scatena esattamente la reazione temuta da Weir e Atlantide viene attaccata da un potente raggio di energia che minaccia di disintegrare gli scudi in poco tempo. Per salvare la città e i suoi abitanti Elizabeth è costretta a prendere una drastica decisione.