E passato un anno dal ritorno dei 4400. Dopo un periodo sotto stretta sorveglianza medica Tom ritorna alla NTAC con mansioni limitate, confinato dietro a una scrivania. Diana, dopo esser passata per una serie di partner sbagliati, trova finalmente un modo per eliminare le questioni burocratiche e riavere Tom, e tutto ciò mentre è impegnata nell'iter per adottare Maia. Nel frattempo, Richard, Lily e la bambina vivono ancora in misere condizioni in una baita di montagna, lontani da Jordan. Jordan ha chiuso l'Arcadia Estates ed è sul punto di aprire The 4400 Centers, un luogo dedicato ai non appartenenti ai 4400 che mira a tirare fuori l'aspetto "4400" che c'è in ognuno. Collier diventa il mentore di Shawn e lo assolda per guarire gli importanti benefattori del Centro.