La stagione 2 di Dinosaur Train è stata trasmessa su PBS da mardi 6 septembre 2011 a vendredi 22 février 2013. È composta da 52 episodi, il primo dei quali si chiama "Dinosaur Big City Part 1" e l'ultimo "Rocket Train"..
Seguendo le straordinarie esperienze dell’ adorabile cucciola di T-Rex Buddy e della sua famiglia adottiva, intraprendiamo, a bordo del meraviglioso Treno dei Dinosauri, un viaggio nella storia più remota del nostro Pianeta, incontrando tanti altri dinosauri con i quali vivere nuove avventure e scoprire mondi fantastici.
Adottata da una famiglia di Pteranodonti quando era ancora dentro al suo uovo, Buddy è intenzionata a scoprire le sue reali origini e mamma, papà e i piccoli Pteranodonti si impegneranno al massimo per aiutarla. Buddy e la sua famiglia si imbarcheranno quindi in un viaggio appassionante nel tempo e nello spazio, a spasso nelle varie Ere Preistoriche attraverso giungle, paludi, vulcani e oceani, per scoprire i segreti e le meraviglie del mondo dei dinosauri: allosauri, brontosauri, triceratopi e rettili volanti come gli pterodattili.